Jedna ze základních podmínek v chovu hospodářských zvířat je zákaz živočišné produkce bez zemědělské půdy. Pro všechny druhy zvířat pak platí, že v zájmu jejich zdraví musí být prováděna preventivní opatření, např. chovatelské postupy, kvalitní krmivo, vhodné ustájení. Pokud se v zájmu zdraví zvířete rozhodne veterinární lékař použít chemicky syntetizovaná alopatická léčiva nebo antibiotika, platí, že ochranná lhůta od posledního podání takového léčiva a následné použití jeho bioproduktu k výrobě potravin je dvojnásobná oproti zákonné ochranné lhůtě. Preventivně se nesmí podávat chemicky syntetizovaná alopatická léčiva nebo antibiotika, dále nesmí být prováděna synchronizace říje, či podávány látky pro stimulaci růstu nebo produkce.
Jsou upravena také pravidla pro to, jak má vypadat a jak má být velký životní prostor jednotlivých druhů zvířat, výběhy, v některých ohledech pak i kvalita, původ a složení krmiv. Tady platí všeobecně tendence k tomu, krmit krmivy z vlastní zemědělské produkce, případně usilovat o co nejvyšší míru lokálnosti. Taky je tu požadavek na velmi vysokou míru krmiv s původem v EZ a naprostý zákaz GMO krmiv nebo krmiv z GMO získaných. Upraveno je i minimální množství objemných krmiv a podávání minerálů a doplňkových látek.
Základní rozdíl v chovu masného skotu v EZ oproti konvenčním chovům spočívá v povinnosti zajistit přístup zvířatům na pastvu v období pastvy, kdykoliv to podmínky dovolí. Pokud toto nelze zabezpečit, musí mít zvířata zajištěna přístup na otevřená prostranství, která mohou být částečně zastřešena. Ustájení musí být volné, to znamená, že zvířata ve stáji nesmí být přivázána. Intenzita chovu musí zajišťovat pohodlí a welfare. Vazné ustájení je zakázáno (povoleno je na výjimku u malých farem do 50 ks skotu, ale i zde je povinnost minimálně 2x v týdnu umožnit zvířatům volný pohyb). Počet zvířat na pastvě je omezen, aby se minimalizovalo udusání půdy, eroze nebo znečištění způsobené zvířaty.
Krmiva z vlastní zemědělské produkce činí minimálně 60 %, pokud to není možné, musí být nakoupena od jiných ekologických podnikatelů. Nejméně 50% sušiny v denní krmné dávce musí pocházet z objemných krmiv. Krmné suroviny minerálního původu a doplňkové látky mohou být podávány jen ve formě, které jsou uvedeny v přílohách legislativních předpisů, nesmí být vyrobeny za pomocí chemických syntetických rozpouštědel. Rovněž se nesmí přežvýkavcům krmit syntetické vitamíny.
BIO porážka musí být časově nebo prostorově oddělená od porážky konvenčních zvířat, vždy BIO porážka po provedeném úklidu a sanitaci = BIO zvířata jdou v pořadí jako první, BIO zvířata jdoucí na porážku nesmí vidět na proces porážky a bourání.
Základní podmínkou v chovu drůbeže je, že jde o chov extenzivní a drůbež nesmí být chována v klecích. Stáje pro veškerou drůbež musí mít nejméně jednu třetinu podlahové plochy pevnou (bez roštů), která je pokryta podestýlkou. Ve stáji pro nosnice slouží dostatečně velká část podlahové plochy jako sběrné místo pro trus. Stáje jsou vybaveny hřady, jejichž počet a rozměry jsou uzpůsobeny velikosti skupiny a druhům. Drůbež musí mít přístup do výběhu alespoň po dobu jedné třetiny svého života. Výběhy mají být převážně pokryty vegetací, jsou vybaveny ochranným zařízením (např. voliéra jako ochrana před predátory) a umožňují drůbeži přístup k přiměřenému počtu napájecích a přívodních žlabů.
Minimální vnitřní plocha je stanovena u nosnic na 1 m2 maximálně 6 kusů, 18 cm délka hřadu na jednu nosnici, jedno hnízdo na 7 nosnic, v případě společného hnízda 120 cm2 na kus, venkovní výběh 4 m2 na nosnici. U drůbeže na výkrm max. počet zvířat je max. 10 kusů na 1 m2 vnitřní plochy nebo max. 21 kg živé váhy na 1 m2.
Stáje jsou postaveny tak, aby všichni ptáci měli snadný přístup na otevřené prostranství. Cílem chovu drůbeže je předejít využívání intenzivních postupů, drůbež se chová až do dosažení minimálního věku nebo pochází z linií drůbeže s pomalým růstem. Pokud ekologický podnikatel nevyužívá linie drůbeže s pomalým růstem, činí minimální věk při porážce u kuřat 81 dnů, u kachen pekingských 49 dnů, u krůt 100 dnů, u krocanů a hus na pečení 140 dnů.
Vodní drůbež musí mít přístup k tekoucí vodě, rybníku, jezeru nebo tůni vždy, kdy to povětrnostní a hygienické podmínky dovolují. Krmiva z vlastní zemědělské produkce činí minimálně 20 %, pokud to není možné, musí být bio krmivo vyprodukováno v tomtéž regionu.
V chovu prasat platí, že se prasnice chovají ve skupinách, kromě období konce březosti a období kojení. Prasata mají přístup na pastvu, kdykoliv to povětrnostní podmínky a stav půdy dovolí. Pokud toto nelze zabezpečit, musí mít zajištěn přístup na otevřená prostranství, která mohou být částečně zastřešena. Vazné ustájení nebo izolování zvířat je zakázáno, pokud se nejedná o jednotlivá zvířata a o omezenou dobu, např. z veterinárních důvodů.
Intenzita chovu musí zajišťovat dobré životní podmínky zvířat – min. vnitřní plocha musí být 7,5 m2 na prasnici po porodu se selaty do stáří 40 dní, venkovní plocha výběhu pro volný pohyb zvířat, mimo pastvu min. 2,50 m2. Podlahy ustájovacích prostor nesmí být kluzké, minimálně polovina podlahy, kde se zvířata pohybují, musí být pevná (max. 50% může být roštová). Oblast volného pohybu umožňují prasatům kálet a rýt.
Krmiva z vlastní zemědělské produkce činí minimálně 20 %, pokud to není možné, musí být bio krmivo vyprodukováno v tomtéž regionu. Všechna mláďata jsou přednostně krmena mateřským mlékem po dobu minimálně 40 dnů věku.
Kupírování ocásku selatům není povoleno, kastrace selat je možná v případě, že ji provádí kvalifikovaný personál a za použití anestetik nebo analgetik. Obrušování zubů je možné provést na základě povolené výjimek ze strany MZe.
